Снетогорский монастырь впер­вые упоминается в Псковских лето­писях под 1299 годом, когда 4/17 марта ливонские рыцари совершили внезапное нападе­ние на Псков. Тогда обитель была разо­рена, а игумен ее, пре­по­добномученик Иоасаф, а также 17 иноков и пресви­тер Константин были сожжены в храме. Обитель была соз­дана незадолго до указанной даты в правление и при уча­стии горячо любимого пскови­чами святого благо­верного князя Довмонта-Тимофея. В 1312 году в мона­стыре за­вершается строи­тельство собора Рождества Бо­городицы. Этот прекрасный белока­менный собор псковские мастера украсили дивными фресками, кото­рые по милости Божией сохранились и до наших дней. В XVI веке монастырь укра­сили еще два прекрасных храма: Никольский с трапезной и погребами (где сей­час совершаются Богослужения) и цер­ковь Вознесения-под-колоколы. Последний храм после перестроек в XVIII-м веке превратился в знаменитый Сне­тогорский столп высотой 63 м (86 метров от зеркала реки Вели­кой), который мог соперничать с колокольней Ивана Великого в Москве.

За свою 700-летнюю историю оби­тель пережила не одно враже­ское нашествие и разоре­ние. Так, в 1581 и 1612 годах она была разорена поль­скими вой­сками, в 1615 — шведской армией короля Густава Адольфа. Несколько раз постигали ее крупные пожары. Но молитвами Пресвятой Богородицы и снето­горских преподобному­чеников она возрождалась. Из стен ее вы­шли основатели псковского пустынножи­тельного мо­нашества: преподобные Евфросин Псков­ский и Савва Крыпецкий,  а также один из русских Пат­риархов – Иоа­саф. Псковские князья и знать принимали здесь постриг.

В 1805 году монастырь был обращен в загородный Архие­рейский дом и стал местом деятель­ности известного цер­ковного деятеля, историка и писа­теля Евгения Болховити­нова, тогда архиепископа Псковского, а затем митропо­лита Киевского, автора «Истории княжества Псковского» и других книг. В 1825 году монастырь посещал А.С. Пуш­кин. В 1920-х гг. экономом здесь был псково-печерский старец прп. Си­меон Желнин. С приходом советской вла­сти монастырь был разорен и превращен в дом отдыха. Тогда же был разрушен и Снетогорский  столп — церковь Вознесе­ния. Сейчас от нее осталось лишь основание. В годы немецко-фашистской оккупации в обители разме­щался главный штаб немецкой армии северо-западного фронта.

В 1993 году в монастыре была возрождена мо­на­шеская жизнь.По благословению правящего архиерея архиепископа Псковского и Великолукского Евсевия монастырь стал женским, и настоятельницей была назначена Игумения Людмила (Ванина) (1938 – 2015 гг.).

От учреждений здравоохранения на территории монастыря за годы советской власти остались руины и нежилые помещения. Немногочисленные сестры принялись своими силами восстанавливать обитель. По благословению своих духовных наставников матушка Людмила принимала в обитель всех, несмотря на возраст и немощи приходящих: принимала и молодых, и пожилых, и больных, никому не отказывая. За годы своего настоятельства матушка Людмила показала себя усердной молитвенницей, она покоряла своей простотой, доступностью, искренностью и скромностью, и полностью оправдывала свое имя - Людмила «людям милая». В своей обители она насаждала дух любви и сострадания.

Духовник монастыря архимандрит Гермоген (Муртазов), всю жизнь прослуживший в женской обители в Пюхтицах, вместо отдыха на пенсии по просьбе Владыки Евсевия принял заботу о душах сестер на свои плечи. В монастырь стали стекаться люди, прося молитв и благословения в житейских нуждах и болезнях, за духовным советом в сложных обстоятельствах, приезжали со всей России и из-за рубежа.

Постепенно были реконструированы жилые келейные корпуса, возведен новый Восточный корпус с домовой церковью прп. Иоасафа взамен старого, сгоревшего в большом пожаре 2002 г. Изменился внутренний облик храма свт. Николая. Собор Рождества Пресвятой Богородицы после многолетних переговоров с властями был, наконец, передан монастырю, и началась его медленная реставрация.

Было обустроено Подворье монастыря в д. Замошье с собственным храмом в честь свт. Тихона Задонского, молочной фермой и сельскохозяйственными угодьями.

Гости и паломники Снетогорской обители уносят с собой самые благоприятные впечатления.

14 апреля 2015 года обитель понесла тяжелую утрату: скончалась первая настоятельница Снетогорского монастыря Схиигумения Людмила.

Владыкой Евсевием, Митрополитом Псковским и Порховским 8 июля 2015г. была назначена новая настоятельница, воспитанница Спасо-Елеазаровского монастыря монахиня Татиана (Пашкова). 2 февраля 2016г.  Матушка Татиана была возведена в сан игумении. При ней перекрыта крыша собора Рождества Богородицы и Никольского храма, построена летняя трапезная и решено много других насущных проблем.

9 июня 2018г. отошел ко Господу духовник обители, архимандрит Гермоген.

Сейчас в монастыре проживает около ста насельниц, больше половины из них - престарелые монахини, многие живут в монастырской богадельне. Дело монастырей – молитва и духовная помощь. Каждый день восходит молитва к Богу о России, о мире, о воинстве, о людях. И сугубая молитва о тех, кто жертвует и благодетельствует монастырю своим участием. В средствах массовой информации ведутся дискуссии о том, должно ли государство восстанавливать переданные церкви (отнятые у нее в свое время и разрушенные) памятники архитектуры. Понятно, что силами монахинь и на средства прихожан не восстановить древнюю псковскую святыню. Обитель остро нуждается в материальной поддержке. Возрождение монастыря вдохнуло душу в памятник духовного и культурного наследия - Ансамбль Снетогорского монастыря, но без всенародной поддержки памятник постепенно разрушается.

Собор Рождества Богородицы XIV века, имеющий ста­тус памятника всерос­сийского значения, нуждается в немедленной реставрации стен, фундаментов, кровли. Монастырь в сотрудничестве со псковскими комитетом по культуре и музеем-заповедником следит за состоянием фресок и температурно-влажностным режимом собора, но государственная помощь минимальна, а недавно собор потерял своего главного защитника – умер реставратор Владимир Сарабьянов, разработавший методику консервации снетогорских фресок. Он, ученый с мировым именем, не видел препятствий для постоянного служения в соборе Рождества Богородицы при условии его должной реставрации.

Церковь-колокольня "Вознесение-под-колоколы", XVI-XIX в., так называемый Снетогорский столп, находится в руинах. Монастырь ищет средства на восстановление древнего памятника архитектуры, для начала хотя бы на составление примерной сметы на проектные, исследовательские и изыскательные работы. При наличии средств монастырь сам планирует проводить исследовательские работы и работы по восстановлению храма.

Южный келейный корпус, руины которого прикрыты временными хозяйственными постройками, а также Южная башня расположены на аварийном склоне горы, нуждающемся в срочном укреплении. Федеральные власти после долгих просьб со стороны монастыря обратили внимание на проблему берега Снятной горы. Но в 2010 г. работы по укреплению берега внезапно прекратились, не дойдя до опасно нависающей над рекой Южной башни. Выделенные из федерального бюджета средства исчезли вместе с организацией «Росохранкультура», а недостроенные сооружения изуродовали склон Снятной горы.