Главное попечение отца Иоанна было о душах несчастных людей.

В 1855 году, после окончания семинарии, о. Иоанн Сергиев начал свое служение в Андреевском соборе Кронштадта. Молодой священник столкнулся с массовой нищетой и отсутствием перспектив у жителей трущоб. Он постепенно пришел к мысли, что, хотя благотворительность и милостыня необходимы, они часто развращают людей и лишают их стимула трудиться. По мысли о. Иоанна, для социализации этой части населения в первую очередь необходимо предоставить людям возможность найти оплачиваемую работу.

Стараниями отца Иоанна в Кронштадте в 1882 г. был открыт Дом трудолюбия и при нем: два начальных училища, лечебница, приют для бездомных, различные мастерские, дававшие неимущим заработок (например, в 1890 г. в пеньковой мастерской работало 16 тыс. человек), народная столовая. Деятельная любовь к бедным, страждущим и обремененным была внешним проявлением того, что составляло центр исполненной великого духовного горения жизни отца Иоанна Кронштадтского – жизнь в Боге.
Иоанн Кронштадтский был и замечательным педагогом-законоучителем. Свыше 25 лет он преподавал Закон Божий в Кронштадтском Городском училище (с 1857г.) и Кронштадтской классической гимназии (с 1862г).
У него не было «неспособных». Уроки его были скорее удовольствием, отдыхом для учащихся, чем тяжелой обязанностью, трудом. Это была живая беседа, увлекательная речь, интересный, захватывающий внимание рассказ. И эти живые беседы пастыря-отца со своими детьми на всю жизнь глубоко запечатлевались в памяти учащихся. Такой способ он объяснял необходимостью дать отечеству прежде всего человека и христианина, отодвигая вопросы о науках на второй план. Особенное значение отец Иоанн придавал чтению житий святых, и всегда приносил на уроки отдельные жития, которые раздавал учащимся для чтения на дому.